Rinnegan, Sharingan, dan Byakugan

Rinnegan 

Rinnegan dikabarkan adalah mata terkuat diantara 3 mata tersebut. Konon Rinnegan adalah mata warisan ninja legendaris yaitu Rikudo Sennin. Ia menyegel Juubi ekor 10 dengan kekuatan Rinnegan (Chibaku tensei) untuk membuat bulan dan menyegelnya disana. Karena takut Juubi akan bangkit kembali Rikudo pun menggunakan kekuatan terakhirnya untuk menyebar kekuatan Juubi menjadi 9 bagian yang kita kenal dengan 9 biju ini.
Kekuatan: Pemilik Rinnegan bisa mengendalikan 6 elemen berbeda sekaligus serta jurus yang hanya bisa dimiliki oleh pengguna Rinnegan
Jurus: Shinra tensei, Bansho tennin, Chibaku tensei, Gedo mazo
Pemilik: Rikudo Sennin, Uchiha Madara, Nagato, Tobi

Sharingan

Sharingan hanya dimiliki oleh orang orang dari clan Uchiha walau bisa digunakan oleh orang yang bukan clan uchiha dengan cara di transplantasi. Sharingan berfungsi untuk mengeluarkan Genjutsu/Ilusi bagi penggunanya Mata ini bisa membuat pemiliknya melihat 3 detik sebelum kejadian. Sharingan terbagi menjadi beberapa tingkat dan tingkat tertinggi yaitu Mangekyo Sharingan. Mangekyo Sharingan didapatkan dengan membunuh orang yang paling ia sayangi. Mangekyo Sharingan bisa membuat si pengguna menggunakan Dojutsu tingkat tinggi yang hebat. Akibat penggunaan Sharingan terus menerus bisa menyebabkan kebutaan mata si pemilik Sharingan. Akan tetapi hal ini bisa ditanggulangi dengan cara merebut Sharingan orang lain. Jika hal itu dilakukan maka mata Sharingan bisa sempurna dan tidak akan menyebabkan kebutaan. Mangekyo Sharingan setiap orang memiliki pola yang berbeda. Pemilik Sharingan terkuat adalah Uchiha Madara. 
Kekuatan: Penglihatan 3 detik sebelum kejadian, Genjutsu untuk Sharingan, dan Dojutsu untuk Mangekyo Sharingan. Dojutsu: Amaterasu, Susano'o, Tsukuyomi, Izanagi, Izanami dan memasukan target ke dimensi berbeda. Izanagi dan Izanami termasuk Genjutsu walau hanya bisa digunakan oleh pengguna Mangekyo Sharingan
Jurus: Amaterasu, Susano'o, jurus dimensi, Tsukuyomi, Genjutsu biasa, Izanagi, Izanami
Pemilik: Semua clan Uchiha, Kakashi Hatake, Danzo Shimura

Byakugan

Byakugan adalah mata milik clan Hyuuga di Konohagakure. Mata ini pernah menarik perhatian desa Kumogakure, lalu sejumlah ninja Kumogakure menyusup ke Konohagakure untuk menculik Hinata Hyuuga, akan tetapi ayah Hyuuga Neji ialah Hiashi Hyuuga menyelamatkan Hinata akan tetapi Hiashi meninggal saat menyelamatkan Hinata
Kekuatan: Penglihatan jarak jauh disertai dengan penglihatan tembus pandang
Jurus: Clan Hyuuga umumnya menggunakan mata ini untuk jurus jurus Taijutsu nya seperti pukulan 360 derajat milik Hyuuga Neji
Pemilik: Semua clan Hyuuga, dan Ao dari Kirigakure